通用型反相液相色譜柱優點是固定相穩定，應用廣泛，可使用多種溶劑。但硅膠為基質的填料，使用時一定要注意流動相的PH范圍。一般的C18柱PH值范圍都在2-8，流動相的PH值小于2時，會導致鍵合相的水解；當PH值大于7時硅膠易溶解；經常使用緩沖液固定相要降解。
通用型反相液相色譜柱在使用前，要進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行(出廠測試所使用的條件是較佳條件)，只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
通用型反相液相色譜柱在使用緩沖液的過程中還要注意以下幾點：
a.避免使用鹽酸鹽，鹽酸鹽對鋼質有腐蝕作用;
b.緩沖液要現配現用，往往緩沖液是良好的菌類培養液，隔天或放置長時間實驗時會發生很多怪現象;
c.使用緩沖液要及時掌握pH范圍，做到胸中有數;
d.清洗液路和柱子時，有溫控可加熱到30攝氏度易于沖洗;
e.長時間用緩沖溶液要注意觀察接頭處有無析出，若有白色鹽類析出，定期用10%硝酸沖洗液路(拆下柱子，沖洗30mL10%硝酸溶液，再用5倍水沖洗)可以避免液路的堵塞;
f.選擇緩沖液要用可靠的試劑，避免不純的鹽類造成不必要的麻煩;
過渡流動相是指有機相和水相的組成與分析流動相相同，但是不含緩沖鹽的溶液。
