極性改性反相色譜柱是指利用非極性的反相介質為固定相，極性有機溶劑的水溶液為流動相，根據溶質極性的差別進行溶質分離與純化的洗脫色譜法。與HIC一樣，RPC中溶質也通過疏水性相互作用分配于固定相表面，但是，RPC固定相表面被非極性基團所覆蓋，表現出強烈的疏水性。因此，需用極性有機溶劑或其水溶液進行溶質的洗脫分離。
溶質在反相介質上的分配系數取決于溶質的疏水性，一般疏水性越大，分配系數越大。當固定相一定時，可以通過調節流動相的組成調整溶質的分配系數。RPC主要應用于相對分子質量低于5000，特別是1000以下的非極性小分子物質的分析和純化，也可以用于蛋白質等生物大分子的分析和純化。由于反相介質表面為強烈疏水性，并且流動相為低極性的有機溶劑，生物活性大分子在RPC分離過程中容易變性失活，所以，以回收生物活性蛋白質為目的時，應注意選用適宜的反相介質。
反相介質的商品種類繁多，其中代表性的是以硅膠為載體，通過表面鍵合非極性分子層制備。通過控制反應時間和溫度，可獲得性能穩定的反相介質。在硅膠基質的反相填料中，以鍵合有C18、C8、C2的球形多孔填料較為常見，用途較廣。
RPC固定相大多是硅膠表面鍵合疏水基團，基于樣品中的不同組分和疏水基團之間疏水作用的不同而分離。在生物大分子分離中，多采用離子強度較低的酸性水溶液，添加一定量乙腈、異丙醇或甲醇等與水互溶的有機溶劑作為流動相。
極性改性反相色譜柱的日常使用注意事項：
1、如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢柱子沖洗干凈，并保存于甲醇或乙腈中。
2、氯化物的溶劑對其有一定的腐蝕性，故使用時要注意，柱及連接管內不能長時間存留此類溶劑，以避免腐蝕。
3、若流動相是緩沖鹽并且鹽的濃度比較高分析完畢樣品不要停泵，要立即沖洗色譜柱或者低流速平衡，以免色譜柱前段柱篩板堵塞。
4、使用預柱保護分析柱（硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度）。
5、避免流動相組成及極性的劇烈變化。
6、流動相使用前必須經脫氣和過濾處理。
