正確的使用聚合物基質液相色譜柱是很重要的，并且對液相分析非常有幫助的。接下來的文章是一些使用、清洗和保存液相聚合物基質色譜柱的指導。這些指導根據兩方面來分的，一方面是根據柱的基質，另一方面是表面鍵和的化學固定相。
采用純聚合物基材，因此具有較佳的耐緘性，適用于帶有芳香環以及不飽和化合物的分離/純化。此類柱提供了廣范的溶劑的選擇，pH范圍可叢1-13。聚合物C18從親水的甲基丙烯酸酯鍵合C18官能團，利用親水的聚甲基丙烯酸酯載體鍵合ODS性能相似于硅膠鍵合ODS甲基丙烯酸酯在聚合前就用C18官能團化，因此有較大的重現性沒有硅醇基和金屬雜質，有用的顆粒度在pH1-13間穩定。和所有的標準的反相溶劑都相容。
在pH2~12范圍內呈現出較高的化學穩定性，使其可以在堿性條件下被使用。較寬的pH范圍還可以使用多堿性化合物在非帶電形式下得到分析，減少了二次相互作用發生進而改善分析峰形。由于二次相互作用的降低，大大改善了對肽和蛋白質的回收。
聚合物基質液相色譜柱的存儲方法：
未改性疏水聚苯乙烯-二乙烯基苯填料
可以使用硅膠基質色譜柱的長期儲存方法，即在有機溶劑中長期儲存。建議使用乙腈保存。
聚合物離子交換填料
不得用高濃度的有機溶劑儲存。建議使用水溶液并保存在冷藏的環境下，防止藻類菌類生長。
