親水親脂平衡柱在經過出廠測試后是保存在乙腈/水的流動相體系中的。
①在平衡之前，請一定確保您所使用的流動相和乙腈/水互溶；
②新柱應先以10－20倍柱體積的甲醇或純乙腈作流動相沖洗。
③如果您所使用的流動相中含有緩沖鹽或離子對試劑，應注意在乙腈沖洗后用高比例水"過渡"。即每天分析開始前必須先用高比例水沖洗30分鐘以上（防止鹽析出），再用緩沖鹽流動相平衡；分析結束后須先用高比例水沖洗30分鐘以上，除去緩沖鹽之后再用甲醇沖洗30分鐘（保護柱子）。
親水親脂平衡柱的柱平衡對分離的影響，先解釋一下，當流動相流經過干燥的固定相的時候，發生了什么。
1、干燥活性硅膠，迅速吸收溶劑進入其孔隙當中和表面，尤其是一些極性溶劑，吸收更加明顯。
2、吸收過程中，溶劑將殘留在孔隙中大空氣趕跑，要將整個柱子里面的氣泡全部排凈，大約需要兩到三個柱體積。
3、柱平衡過程中，溶劑吸附到硅膠基質上面，會放出大量的熱量，體系內溫度會隨之上升，很有可能流動相在這個過程中會達到沸點（流速越大，極性越高，產生的熱量就越多），同時這個熱量消散的速度也比較快，往往溶劑前沿部分熱量較高，一個柱體積后即可回到室溫。同時，溫度上升也會導致在流動相接觸到篩板的時候，會產生比較大的背壓。
4、當起始熱量消散后，硅膠表面會繼續吸收溶劑極性成分，柱平衡充分運行之后，吸收的極性溶劑成分也會慢慢的趨于平緩，例如：在乙酸乙酯和正己烷的體系當中，在充分的柱平衡過程中，色譜柱上下兩端的乙酸乙酯的濃度的差異性會逐漸趨于相同。
